Sekolah Menengah Imtiaz Yayasan Terengganu  Kuala Terengganu dibina sekitar bulan November 1994 yang  bertujuan untuk memberi kemudahan pendidikan berasaskan agama kepada penduduk sekitarnya. Sekolah ini lahir daripada  aspirasi masyarakat setempat untuk memajukan kawasan mereka terutamanya dari aspek pendidikan. Idea-idea untuk menubuhkan sebuah sekolah agama telah disuarakan oleh penduduk Kampung Pulau Manis, Kampung Banggol Mempelam, Kampung Banggol Tok Ku, Kampung Banggol Lalang dan Kampung Baru Serada sejak tahun 1986.

Kepimpinan negeri pada masa itu di bawah YB Dato’ Seri Amar Di Raja Haji Wan Mokhtar Bin Ahmad telah memberikan reaksi positif dan sebuah jawatankuasa bertindak telah dibentuk di peringkat Dewan Undangan Negeri untuk merealisasikan hasrat penduduk setempat. Kerajaan negeri telah meluluskan penubuhan sekolah ini pada tahun 1994. Kerja-kerja pembinaan sekolah ini bermula pada November  1994 dan siap sepenuhnya pada bulan Mac 1997.  Sekolah ini dilengkapi dengan kemudahan  prasarana yang lengkap dan pembinaannya menelan belanja berjumlah RM 9.4 juta di kawasan seluas 8.1 hektar di Kampung Banggoh Karah, Serada, Kuala Terengganu.

Namun sebagai usaha meningkatkan taraf Sekolah-sekolah Agama Negeri Terengganu, kerajaan negeri telah membuat keputusan untuk  menjadikan sekolah ini  sebagai sebuah Sekolah Bestari Kerajaan Negeri Berasrama Penuh. Pada bulan 1 jun 1997, sekolah ini mula beroperasi dengan nama Kolej Sains Pendidikan Islam Negeri Terengganu (KOSPINT) di bawah kelolaan Jabatan Hal Ehwal Agama Negeri Terengganu (JHEAT) Bahagian Pendidikan. Pembukaan sekolah ini telah dirasmikan oleh ke bawah  DYMM Al-Wathiqu Billah Sultan Mizan Zainal Abidin pada  23 Julai 2000.

Kolej Sains Pendidikan Islam Negeri Terengganu (KOSPINT) mempunyai 4 blok  bangunan yang terdiri daripada blok pentadbiran dan kelas, dua blok asrama putera dan puteri yang mampu menampung 560 orang pelajar serta dewan makan, sebuah dewan besar yang boleh memuatkan 850 orang pelajar, sebuah kantin dan surau yang mampu memuatkan 600 jemaah. Bagi kemudahan sukan dan riadah pula, terdapat sebuah padang bola sepak, dua gelanggang sepak  takraw dan gelanggang badminton. Kemudahan-kemudahan lain termasuklah bilik kuliah, perpustakaan, makmal komputer, makmal sekolah, bengkel kemahiran hidup dan koperasi sekolah.

Pengambilan pertama adalah dalam kalangan pelajar Sekolah-sekolah Agama Negeri Terengganu . Kurikulum KBSM, kurikulum elektif dan votek diperkenalkan untuk tahun pertama dan elektif sains dimulakan pada tahun kedua penubuhan iaitu tahun 1998. Kurikulum ini berterusan sehingga pada 1 Januari 2006, walaupun baru ditubuhkan, namun prestasi pelajar amat membanggakan apabila keputusan peperiksaan sulungnya  iaitu Penilaian Menengah Rendah (PMR)  pada tahun 1998 mencatatkan kejayaan 100%.  Pencapaian SPM juga mencatat 100% walaupun pemilihan pelajar untuk kemasukan pertama adalah dalam kalangan pelajar yang bukan memperolehi 5A dalam peperiksaan UPSR.

Kolej Sains Pendidikan Islam Negeri Terengganu telah dijadikan sebagai salah sebuah sekolah Imtiaz dengan penambahan program hafazan dan kurikulum diniyyah dengan menggunakan nama Sekolah Menengah Imtiaz Yayasan Terengganu Kuala Terengganu. Pengambilan pelajar sulung adalah seramai 98 orang. Sebagai salah sebuah sekolah Imtiaz, sekolah ini diletakkan di bawah pentadbiran sebuah syarikat milik penuh Yayasan Terengganu iaitu Integrity Icon Sdn. Bhd. 

Penubuhan sekolah Imtiaz ini, satu perubahan yang amat ketara telah dialami di sekolah ini sama ada dari segi pentadbiran, kurikulum, kokurikulum dan rutin harian pelajar. Ternyata kurikulum generasi ulul albab sangat sesuai dan memenuhi keperluan semasa dan Imtiaz mampu berperanan sebagai institusi penting melahirkan modal insan yang mampu memenuhi aspirasi negara. Imtiaz bukan sahaja menjadi agenda kerajaan negeri malahan telah mendapat sambutan di peringkat kebangsaan sehingga dijadikan sekolah angkat Timbalan Menteri Pelajaran iaitu  Allahyarham Dato’  Razali Bin Ismail,  mantan Timbalan Menteri Pelajaran Malaysia.

Bermula 1 November 2007, sekolah ini telah berdaftar dengan Bahagian Pendidikan Islam (BPI) Kementerian Pelajaran Malaysia sebagai sebuah Sekolah Agama Bantuan Kerajaan (SABK). Sehingga kini sekolah ini diletakkan sepenuhnya di bawah tanggungjawab Bahagian Pengurusan Imtiaz Yayasan Terengganu setelah pembubaran IISB.